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AI计算模拟
AI-enriched COMPUTATIONAL SIMULATION
AI计算模拟
以AI、大数据分析及数字化工作流为基础的综合计算模拟解决方案

TRANSPATH


TRNASPATH是哺乳动物信号转导和代谢通路的数据库,是创建很早的通路数据库之一,至今已收录1,130,000多条人工总结的反应。TRNASPATH数据库内容可用于geneXplain平台的通路分析。

TRANSPATH数据库关于分子通路的反应层级


TRANSPATH根据多种反应层级,收集基因、分子和反应的信息,数据库精细复杂的结构造就了它是优质的概念化科学通路资源之一,适合多种用途。专家从所有开放资源与商业资源的大量通路数据资料中人工提取、总结信息,进一步完善TRANSPATH数据库内容。

每个反应采用严格的机制方式,记录了所有实验细节,包括参与发表的实验反应的所有物质与每个分子的分类来源(分子证据水平);积累指定通路每个步骤的所有证据,提供更全面的、更完整的通路图(通路步骤水平);上图展示一个语义图示,仅关注主要物质,忽略机制细节和冗余的小分子(语义投射)。



完整的网络和通路由分子及其之间的反应构成,考虑到原始文献中信息的不均匀性,TRANSPATH数据库采用信息可溯源原则,但是准确区分蛋白分子是根据:


1.在一个基因组中的关联性

明确检索蛋白信息,根据:

  • 指定每个蛋白

  • 指定基因的所有产物(异构体)

  • 不同蛋白家族之间的关系(例如,旁系同源)

2.在不同基因组之间的关联性(直系同源)

3.蛋白之间的相关性和修饰状态

  • 指定蛋白复合物及其准确组成

  • 指定蛋白翻译后修饰的确切位置


在geneXplain平台查看转化生长因子β(TGFbeta)网络,数据来自TRANSPATH数据库。

主要特征

  • 专家人工总结、归纳哺乳动物(大部分数据关于人类、小鼠和大鼠)信号或代谢通路涉及的298,000多个分子与80,000多个基因信息

  • 1720个实验验证的通路和作用路径

  • 评估了60,000多个同行评审的科学文献

  • 专家从原始文献提取并评估了489,000多个反应

  • 人工注释、质控98,000多个转录因子与位点相互作用

  • 在geneXplain平台使用,用户可以自定义通路和网络图示


优势

  • 快速获得信号传导和代谢通路组分与反应信息,不需要进行耗时又繁琐的文献检索。

  • 建立自定义调控和代谢网络

  • 预测感兴趣基因参与的可能性通路

  • 使用geneXplain平台高级网络视图技术(基于TRANSPATH数据)
     

在geneXplain平台,使用TRANSPATH数据库进行通路分析、查看网络图示



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